在探讨大关申请昭通商标注册价格高低不同的原因时，我们首先需要了解商标注册的基本流程和费用构成。商标注册是一个涉及多个环节和费用的复杂过程，包括申请费、审查费、公告费等。大关和昭通作为不同的地区，商标注册的价格差异可能源于以下几个方面的因素：

1. 地区经济发展差异

大关和昭通的经济发展水平可能存在差异，这直接影响了商标注册服务的定价。一般来说，经济发达地区的商标注册服务费用相对较高，因为这些地区的成本和生活水平通常更高。

2. 商标代理机构的服务质量

不同的商标代理机构提供的服务质量可能有所不同。一些代理机构可能拥有更丰富的经验和更专业的团队，因此他们的服务费用可能更高。而一些服务质量较低的代理机构可能会通过降低价格来吸引客户。

3. 商标注册的复杂程度

商标注册的复杂程度也会影响价格。如果商标申请涉及多个类别或多个国家，那么注册过程将更为复杂，费用也会相应增加。此外，如果商标存在争议或需要额外的法律支持，也可能导致费用上升。

4. 政府政策和补贴

政府政策和补贴也可能对商标注册价格产生影响。一些地区政府为了鼓励创新和品牌发展，可能会提供商标注册补贴或优惠政策，从而降低注册成本。

综上所述，大关申请昭通商标注册价格高低不同的原因可能是多方面的，包括地区经济差异、代理机构服务质量、商标注册复杂程度以及政府政策和补贴等因素。企业在选择商标注册服务时，应综合考虑这些因素，选择适合自己的服务机构和方案。